各アライアンスはシステムを1つ選び、キャピタルシステムに設定することができます。設定できるのは、領域支配用ユニットが稼働しているシステムに限られます。キャピタルは希望や必要に応じていつでも変更できますが、変更が反映されるまでに7日間かかります。キャピタルはシステムのアクティビティ防衛乗数に+2のボーナスが得られます（上限値6）。
通常の場合、キャピタルシステムを失うと、次のシステムを設定し直すことができます。アライアンスが領有権を所有しているシステムが1カ所のみか、減少して1カ所になる場合は、当該システムが自動的にキャピタルとなります。この場合例外として、7日間の待ち時間が発生しません。