Jede Allianz kann ein einzelnes System als ihre Allianzhauptstadt festlegen, sofern sie in diesem System über einen Souveränitätshub verfügt.. Das Hauptsystem kann jederzeit geändert werden, es wird allerdings 7 Tage in Anspruch nehmen, bis die Änderung aktiv wird. Das Hauptsystem erhält einen +2 Bonus auf den Verteidungsmultiplikator des Systems; das Maximum von 6 kann damit allerdings nicht überschritten werden.
Wenn ein Allianz-Hauptsystem verloren wurde, kann wie oben beschrieben ein neues festgelegt werden. Wenn eine Allianz nur in einem System Souveränität hält oder auf ein System reduziert wurde, wird dieses System automatisch deren Hauptsystem. Dies bildet eine Ausnahme zur üblichen Wartezeit von 7 Tagen.