艦船やモジュール、弾薬、スキルなどのほとんどのアイテムは、使用にあたり、スキルを特定のレベルまでトレーニングする必要があります。要件については、アイテムの情報ウィンドウのスキル要件タブにリストアップされています。ウィンドウ内のスキル表示に使われている四角アイコンの色と形は、スキルのステータスと各スキルのレベルを示しています。
トレーニングの前にまず、キャラクターのスキルリストにスキルを登録する必要があります。各スキルブックを右クリックし、「スキルを登録」オプションを選択することで行えます。あるいは、スキルブックをトレーニングキューに直接ドラッグすることもできます。ほとんどのスキルブックはマーケットで手に入りますが、一部の上級スキルは特定の勢力のみが提供していることがあり、どこでも簡単に手に入るものではありません。
スキルトレーニングは、プレイヤーがゲームにログインしているかどうかに関係なくリアルタイムで実行されます。オフライン時間をカバーするため、最大150個のスキルをトレーニングキューに追加することができます。アルファクローンの場合、
スキルトレーニング中のスキルポイントの取得速度は、5つあるキャラクター属性のうち2つによって決まります。スキルトレーニングに影響を与えるプライマリ属性とセカンダリ属性は、各スキルの情報ウィンドウにリストアップされています。スキルポイントの取得速度は、両属性とクローンのステータスによって決まります。アルファクローンのスキルトレーニングの計算式は以下の通りです：
0.5* （プライマリ属性 + （セカンダリ属性/2）） = 1分あたりのSP
オメガクローンは倍の速度でトレーニングを行います。
スキルに影響するのは2つの属性のみで、同じカテゴリーのスキルはプライマリ属性とセカンダリ属性が共通であることが多いため、神経系のリマップとスキルのトレーニングプランを若干調整することで、スキルのトレーニング速度を向上させることができます。インプラントと大脳アクセラレーターの使用も、スキルのトレーニング時間を短縮させる方法の1つです。
上記に加え、未使用のスキルポイントを使い、スキルにポイントを直接追加することもできます。未使用のスキルポイントの量が十分であれば、トレーニングを即座に完了できます。