Les Intrigues épiques sont des séries de missions longues, rejouables, et à embranchements scénaristiques vous permettant de remporter des récompenses substantielles et de considérablement améliorer votre cote d'estime de faction.Les Intrigues épiques actuellement disponibles, ainsi que les agents auxquels il faut parler et les prérequis pour commencer chaque intrigue se trouvent dans la section « Agents et missions » de l'Agence.
Pour les Intrigues épiques non disponibles, la cote d'estime nécessaire pour que l'agent propose la mission s'affiche lorsque vous passez le curseur de la souris sur l'onglet rouge indiqué dans le coin inférieur gauche :
L'Intrigue épique prendra fin lorsque toutes les missions auront été terminées, ou si une mission ou une offre de missions de l'Intrigue épique est annulée. Cela déclenchera un délai d'attente de 3 mois avant de pouvoir recommencer l'Intrigue épique, en parlant à nouveau à l'agent concerné. En rejouant une Intrigue épique, les pilotes ne sont pas liés par leurs choix antérieurs, et peuvent explorer d'autres embranchements de l'Intrigue épique comme ils le souhaitent.
Comme pour la plupart des autres missions d'agent, les récompenses des missions d'Intrigue épique peuvent être partagées entre pilotes au sein de la même flotte. Toutefois, à la différence des missions d'agent de scénario, qui octroient des gains de cote d'estime de faction ne pouvant être partagés, les gains de cote d'estime de faction octroyés par la plupart des Intrigues épiques seront également partagés entre les membres de la flotte lors du partage des récompenses de la mission.