Chaque alliance peut désigner un système unique comme son Alliance Capital si elle dispose d'un pôle de souveraineté dans ce système. Cette capitale peut être changée en tout temps, mais prend 7 jours à faire effet. Un bonus de +2 est accordé au multiplicateur d'activité de défense du système, mais celui-ci ne peut pas dépasser une valeur de 6.
Si une capitale d'alliance est perdue, une nouvelle peut être désignée. Si une alliance n'a de souveraineté que sur un système, ou se réduit à un système, celui-ci deviendra automatiquement sa capitale d'alliance. Dans ce cas, les 7 jours d'attente ne sont pas requis.