Cada alianza puede designar un único sistema como su Capital de Alianza si tiene un centro de soberanía en ese sistema. La capital se puede cambiar cuando se desea o necesita, pero requiere 7 días para surtir efecto. Esto otorga una bonificación de +2 al multiplicador de defensa de actividad del sistema, pero aun así no puede exceder el valor de 6.
Si se pierde la capital de una alianza, normalmente se puede designar una nueva. Si una alianza solo tiene soberanía sobre un sistema o se reduce a un sistema, ese sistema se convertirá automáticamente en su capital. Esta es una excepción al requisito de espera de 7 días.