“发明”是指通过发明基础一级科技物品的蓝图拷贝来获取该二级科技物品的限量生产蓝图拷贝的过程。当与在虫洞空间遗迹地点中发现的古文物一同使用时，该流程同时也是获取各种三级科技子系统蓝图拷贝和各种三级科技舰船船体蓝图拷贝的过程。除了拥有游戏中为数不多的二级科技物品蓝图原本外，发明是获得大部分用于制造各种二级科技物品所需蓝图的唯一途径，也是获得三级科技蓝图拷贝的唯一途径。
发明并不一定会有产出，因此发明项目可能会以失败告终。如果一次发明可以产出不同的蓝图拷贝，则玩家可以选择心仪的产出。发明项目被归类为“科学项目”，因而会和拷贝、研究蓝图原本共用项目槽位。
游戏中发明以一个显微镜符号作为标记：
发明要求
对于一项有二级科技变体的一级科技物品的蓝图拷贝发明项目，项目所需的物品列在蓝图拷贝中的“发明”部分。（参阅下方“用户界面”示例）
他们通常是：
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一定数量的数据核心，通常来自两个不同领域。无论项目成功与否，数据核心都会被消耗：发明二级科技蓝图拷贝，需要基础一级科技物品的蓝图拷贝。
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无论项目成功与否，每次发明流程都会消耗一次授权生产流程。
在发明项目中，可以使用解码器形式的可选物品，此举将影响生成的二级科技蓝图拷贝以及发明成功率。无论项目成功与否，可选物品都会被消耗，但它们不是启动发明项目的必需品Decryptors。
项目设置
选择好要发明的项目之后，开始发明项目的设置与创建标准制造项目的设置相同：选择要使用的蓝图拷贝；如尚未指定蓝图地点，则选择要使用的设施；挑选输入和输出机库的位置；最后选择该项目使用的可选物品。如果一个基础物品的发明产出两种二级科技物品，则玩家必须在项目窗口的结果预览栏中选择其中一个。成功几率会以条形图的形式在蓝图周围显示，并在你选择影响几率的可选物品后显示相应变动。
项目完成
一个完成的发明项目交付后，系统会弹出一条消息，告知你发明项目是否已经成功生产出蓝图拷贝。