変異プラスミドは、適用対象のモジュールの属性を強化することができます。アビサルデッドスペースサイトで入手することができ、3つのティアが存在します：
- 朽ち果てた
- 胎動
- 不安定な
高位ティアのプラスミドは適用したモジュールに対し、良くも悪くもより強力な影響を及ぼします。詳細な修正値は、各変異プラスミドの情報ウィンドウの『属性』タブに表示されます。変異プラスミドは、適用可能なモジュールの全バリエーションに使用可能で、情報ウィンドウの『使用タイプ』タブでリストを閲覧できます。
変異プラスミドは、格納庫や艦船のカーゴなどの個人に属する場所からアクティブ化できます。変異プラスミドを適用するモジュールは、アクセス権を持ついずれかのローカルな場所からウィンドウにドラッグできます。対象とする変異プラスミドとモジュールを選択した上で『変異』ボタンを押すと新しい属性値がウィンドウに表示され、変異プラスミドが元々置いてあった場所に、変異させたモジュールが配置されます。一度変異させると、モジュールを元の状態に戻すことはできません。
変異済みアイテムは、左上隅に白い上向きの三角形が付いた赤いタグがついており、変異済みだと分かるようになっています。変異済みアイテムはそれぞれが唯一無二なため、リパッケージを行ったり、マーケットで販売したりすることができません。変異済みモジュールの情報ウィンドウには、元の属性値と比較した新しい属性値と、変異済みモジュールを作成したキャラクターが表示されます。
変異済みアイテムは同じものがなく個体差が大きいため、これに関するトレードを完了する前に、対象アイテムの情報ウィンドウをダブルチェックすることを強くお勧めします。