Para poder usar la mayoría de los elementos, como las naves, los módulos, la munición e incluso las habilidades, será necesario desarrollar algunas habilidades hasta cierto nivel. Estos requisitos se indican en la pestaña «Requisitos de habilidades» de la ventana de información del elemento. Los colores y la forma de los cuadrados en las ventanas que muestran las habilidades son un indicador del estado de la habilidad y del nivel de habilidad respectivo:
Antes de poder desarrollar una habilidad, es necesario inyectarla en la lista de habilidades del personaje haciendo clic derecho en el habilidario respectivo y seleccionando la opción «Inyectar habilidad». Otra opción es arrastrar el habilidario directamente a la cola de desarrollo. La mayoría de los habilidarios se pueden obtener en el mercado, aunque es posible que algunas habilidades avanzadas solo las ofrezcan determinadas facciones y, por lo tanto, podrían no estar disponibles en todas partes.
El desarrollo de habilidades en sí ocurre en tiempo real, independientemente de que el jugador haya iniciado sesión en el juego. Para cubrir los periodos de desconexión, se pueden poner hasta 150 habilidades en la cola de desarrollo.
La velocidad a la que una habilidad acumula puntos de habilidad mientras se desarrolla viene determinada por dos de los cinco atributos del personaje. Los atributos que afectan al desarrollo de habilidades, conocidos como «atributo principal» y «atributo secundario», se indican en la ventana de información de cada habilidad y, junto con el estatus de clon, determinan la velocidad a la que la habilidad acumula los puntos. La fórmula para el desarrollo de habilidades en un clon Alfa es la siguiente:
0,5 * (atributo principal + (atributo secundario/2)) = PH por minuto
Un clon Omega desarrollará las habilidades al doble de velocidad.
Como solo se tienen en cuenta dos de los atributos, y muchas de las habilidades de la misma categoría comparten los mismos atributos primarios y secundarios, la velocidad de desarrollo de habilidades se puede aumentar con reprogramaciones neuronales y una cuidadosa planificación. También se pueden utilizar implantes y aceleradores cerebrales para acortar el tiempo de desarrollo de habilidades.
Además, los puntos de habilidad sin asignar se pueden usar para añadir puntos directamente a una habilidad, que podría llegar a completarse de inmediato si hay suficientes puntos de habilidad sin asignar disponibles.