Auf ihren Entdeckungsreisen können Spieler auf geheime oder belagerte Forschungseinrichtungen stoßen, die allgemein als „Ghost Sites“ bekannt sind. Diese unterscheiden sich auf ziemlich gefährliche Weise von anderen Erkundungsgebieten, da ihre Container sich am Ende eines zufälligen, meist jedoch knappen Timers selbst zerstören, sodass häufig ein Kompromiss zwischen dem Zurücklassen der Beute und der möglichen Zerstörung des Schiffes notwendig ist.
Weitere Informationen zu den geheimen und belagerten Forschungseinrichtungen sind in den folgenden Devblogs (auf Englisch) zu finden: