主权中心是专为监管恒星系和其中的殖民地和基础设施而建造的模块化建筑。主权中心是克隆飞行员联盟的活动中心，用于控制零安星系。主权中心随Equinox资料片一同上线，合并且取代了基础设施中心和先前的主权宣布设施，成为升级和改进已占领恒星系的未来之道。主权中心位于恒星附近，主权升级件将通过主权中心安装和维护。身兼要职的军团成员可以启动主权中心，通过与主权中心的互动为已安装的升级件分配殖民地资源，同时负责将劳动力输入/输出到联盟控制下的相邻星系。
- 注意：当主权中心（对新占领的星系或通过过渡获得的星系）宣布主权时，星系中的所有主权宣布设施都将被摧毁。
升级件
安装在主权中心内的任意主权升级件均需消耗能量、劳动力和燃料块来启用，并向星系输送权益。这两者都属于行星资源，可通过安装在星系中的轨道天钩获取。因为能量只能在星系中使用，无法输入或输出，所以可安装在单个主权中心内的升级件类型始终会受到限制。
在整个星系中，主权中心自身可通过恒星产出部分能量，至于其他能量则必须通过资源丰富的气态行星、风暴行星或等离子行星产出。劳动力资源可以在同一联盟控制的两个不同星系之间输入或输出。此操作可通过主权中心控制窗口实现。随着协防、工业、资源和后勤板块添加升级件，主权中心的能力有所提升。
- 如果已安装升级件（不限状态）的能量消耗超过系统可产生的潜在能量（假设所有行星都安装了轨道天钩），则无法继续安装升级件。
- 升级件一旦安装便无法拆除。升级件可以停用，但只能通过使其自毁的方式移除，此操作需要由军团内担任相应职位的克隆飞行员完成。
- 担任相应职位的克隆飞行员必须在主权中心菜单中对已经安装和启用的升级件进行优先级排序。优先级较高的升级件会优先消耗可用的殖民地资源（能量、人口和消耗品）。在资源短缺的情况下，如果所有已安装的升级件都缺乏必要运行资源，则优先级较低的升级件将首先停用。（例如天钩被毁就可能会导致资源短缺。）
- 恒星系中发生的敌袭活动、燃料消耗或资源重组可能导致已安装的升级件失去所需资源，随后进入低能量状态。低能量状态与停用状态非常相似，主要区别在于当升级件处于低能量状态时，它们会在资源充足时自动启用。和停用状态一样，处于低能量状态的升级件不会消耗燃料，也不会对星系造成任何影响。
目前可用的主权中心升级件包括：
基础设施升级件
- 超级旗舰建造设施 - 可建造超级旗舰。
- 高级后勤网络 - 可启用安塞波跳跃星门服务装备。
- 诱导力场压制 - 可启用暗影诱导干扰器服务装备。
- 诱导导航 - 可启用明灯诱导信标服务装备。
PVE升级件
- 小型威胁探测阵列1 - 探测含有普通敌对目标的战斗异常空间。
- 小型威胁探测阵列2 - 探测含有普通敌对目标的战斗异常空间。与基础阵列相比，这种衍生阵列探测新生异常空间的速度更快。
- 小型威胁探测阵列3 - 探测含有普通敌对目标的战斗异常空间。与基础阵列和升级阵列相比，这种衍生阵列探测新生异常空间的速度更快。
- 大型威胁探测阵列1 - 探测含有强大敌对目标的战斗异常空间。
- 大型威胁探测阵列2 - 探测含有强大敌对目标的战斗异常空间。与基础阵列相比，这种衍生阵列探测新生异常空间的速度更快。
- 大型威胁探测阵列3 - 探测含有强大敌对目标的战斗异常空间。与基础阵列和升级阵列相比，这种衍生阵列探测新生异常空间的速度更快。
采矿升级件
- 三钛合金勘探阵列1 - 该阵列可找出星系中的其他矿石资源，优先定位到富含三钛合金的小行星带。
- 同位聚合体勘探阵列1 - 该阵列可找出星系中的其他矿石资源，优先定位到富含同位聚合体的小行星带。
- 超新星诺克石勘探阵列1 - 该阵列可找出星系中的其他矿石资源，优先定位到富含超新星诺克石的小行星带。
- 晶状石英核岩勘探阵列1 - 该阵列可找出星系中的其他矿石资源，优先定位到富含晶状石英核岩的小行星带。
- 超噬矿勘探阵列1 - 该阵列可找出星系中的其他矿石资源，优先定位到富含超噬矿的小行星带。
- 类晶体胶矿勘探阵列1 - 该阵列可找出星系中的其他矿石资源，优先定位到富含类晶体胶矿的小行星带。
- 类银超金属勘探阵列1 - 该阵列可找出星系中的其他矿石资源，优先定位到富含类银超金属的小行星带。
每种类型的升级件都要消耗对应的燃料才能保持启用状态。与Equinox资料片之前发布的版本相比，在零安星系中争夺玩家主权的方式基本不变。主权中心会直接取代基础设施中心，成为侵噬链接的目标。星系一旦丧失控制权，主权中心和所有已安装升级件都会被摧毁。当主权中心被摧毁时：
- 有几率掉落燃料
- 有几率掉落已安装升级件
- 丧失星系所有权
必须使用侵噬链接才能锚定并占领处于中立状态下的主权中心（归商业安全委员会所有），因为在此期间其他联盟可能会试图夺取主权。