時折「ルートを管理」で確認できる回避システムリストに追加しているかどうかに関わらず、オートパイロットが選択した既知宇宙内の目的地までのルートを設定できない場合があります。これは多くの場合、目的システムまでのルート上の1つ以上のシステムでカプセルが破壊されており、かつオートパイロット設定で「最近ポッドの破壊が発生したシステムを回避する」オプションが有効になっていることが原因だと思われます。時間をおけば解決することが多いものの、基本的には、このオプションを無効にすればオートパイロットがまたルートを設定できるようになるでしょう。
なお、ワームホール宙域内にいる場合、オートパイロットは全ての目的地に対してルート設定を行えません。