Gelegentlich kann der Autopilot keine Route zu einem bestimmten Ziel im bekannten Raum erstellen, auch wenn keine Sonnensysteme in der Zu-meiden-Liste eingetragen sind (diese kann über das Klicken auf "Route verwalten" aufgerufen werden). In vielen Fällen liegt es daran, dass Kapseln in einem oder mehreren Systemen auf der Route zum Zielsystem abgeschossen wurden und die Option "Systeme meiden, in denen kürzlich Pod-Abschüsse aufgetreten sind" in den Autopiloteinstellungen aktiviert ist. Obwohl sich das oftmals nach einiger Zeit selbst klärt, ermöglicht es die Deaktivierung dieser Option dem Autopiloten, die Route erneut zu berechnen.
Der Autopilot kann keine Routen finden, solange sich der Pilot in einem Wurmloch-System befindet.