В некоторых случаях автопилот не может проложить путь до точки назначения в пределах освоенного космоса Нового Эдема; при этом список опасных систем пуст (увидеть список опасных систем, исключаемых при планировании маршрута, можно в соответствующей вкладке окна «Система планирования маршрута»). В большинстве случаев это следствие уничтожения капсулы в пределах одной или нескольких систем по пути к точке назначения; при этом в настройках автопилота включена опция «Избегать места недавней гибели капсул». Чаще всего проблема исчерпывается самостоятельно спустя некоторое время; тем не менее, отключение этой опции обычно позволяет автопилоту вновь проложить маршрут.
В случае, если корабль находится в червоточине, автопилот не сможет помочь выстроить маршрут.