각 얼라이언스는 해당 시스템에 소버린티 허브가 있는 경우 단일 시스템을 얼라이언스 자본으로 지정할 수 있습니다. 본부는 언제든 변경할 수 있지만 효력이 발생하기까지 약 7일의 시간이 소요됩니다. 본부 항성계는 방어 배율 +2의 보너스를 받습니다. 단, 방어 배율이 6을 초과할 수는 없습니다.
얼라이언스 본부가 점령당할 경우 새로운 본부를 지정할 수 있습니다. 만약 점령중인 항성계가 한 곳밖에 남지 않았다면 본부는 자동으로 해당 항성계로 이전됩니다. 이때 대기시간은 발생하지 않습니다.