A veces, el piloto automático no puede trazar una ruta a un destino seleccionado en el espacio conocido a pesar de no haber añadido sistemas a la lista de puntos excluidos, que se puede ver seleccionando «Gestionar ruta». En muchos casos, lo más probable es que esto se deba a que se ha destruido una cápsula en uno o varios sistemas de la ruta hacia el sistema de destino, mientras la opción «Evitar sistemas donde se ha destruido una cápsula» está seleccionada en los ajustes del piloto automático. Si bien esto suele desaparecer por sí solo después de un tiempo, deseleccionar esta opción normalmente permitirá que el piloto automático vuelva a crear una ruta.
El piloto automático no podrá trazar una ruta hacia ningún destino mientras se encuentre en el espacio de agujeros de gusano.